Nieuwe taalmethode
Verhoeven begon als onderwijzer en maakte eind 80-er jaren een zeer ingrijpend veranderings- en fusieproces mee van een basisschool, deze school kreeg een zeer gemengde populatie. Verhoeven verrichtte door zijn kennis voor leerlingen met een andere taalachtergrond veel werk in de Werkgroep Onderwijs Anderstaligen Nijmegen (WOAN). De groep hield zich bezig met de ontwikkeling van een nieuwe taalmethode. Als historicus bedacht hij voor de school een nieuwe naam na de verhuizing – van Fatimaschool naar Groot Nijeveld. De wijk waar de school staat heette oorspronkelijk Nije Veld. Met zijn kennis ontwikkelde en schreef hij tevens educatieve lespakketten en schreef hij ook voor het ministerie van Buitenlandse Zaken een serie boeken over andere landen.
Gebroeders Van Lymborch
Geïnspireerd door een Engelstalig boekje met afbeeldingen van de in Nijmegen geboren gebroeders Van Lymborch startte hij een onderzoek naar deze middeleeuwse schilders. Een serie artikelen verscheen van zijn hand rond 2000. De schilderkunst van de gebroeders is voor het publiek nauwelijks toegankelijk omdat deze zich voornamelijk bevindt in gesloten boeken in bibliotheken en musea in onder andere Parijs, Chantilly, het Vaticaan en New York.
In 2005 publiceerde Verhoeven het boek ‘De gebroeders van Limburg. Leven, werk en wereld’. Hij werkte mee aan een tv-documentaire van AVRO Close Up en was medeorganisator van de expositie over de Gebroeders in Museum Het Valkhof die door Koningin Beatrix geopend is. De kunstenaars werden door deze expositie meer bekend bij het grote publiek.
In 2006 initieerde en organiseerde hij het eerste Gebroeders van Limburgfestival. Er kwam een tegeltableau bij het geboortehuis van de Gebroeders en vier straten in Nijmegen zijn inmiddels naar hen vernoemd. In het stadhuis bevindt zich in de centrale hal de Gebroeders Van Lymborchzaal. Sinds 2019 is op de plaats van het familieatelier het Gebroeders van Lymborch Huis gevestigd waar het werk van de schilders permanent zichtbaar is voor het publiek. Dit alles was niet mogelijk geweest zonder het door Clemens Verhoeven verrichte onderzoek, publicaties en presentaties van hem.
Verhoeven initieerde de re-enactmentgroep Blijde Incomste, een eeuwenlange traditie die in de zestiger jaren verloren was gegaan. Talloze evenementen zijn inmiddels door deze groep voor duizenden bezoekers georganiseerd.